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SILAC-細胞差異蛋白質(zhì)組分析服務
更新時間:2019-12-25   點擊次數(shù):1707次

、簡介

SILAC(Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture)是基于哺乳動物細胞生長對“必需氨基酸”的依賴原理,將穩(wěn)定同位素(13C、15N)標記的Lys(K)和Arg(R)加入細胞培養(yǎng)基中對細胞進行培養(yǎng)。在細胞的增殖過程中,穩(wěn)定同位素標記的K和R自然“摻入”到蛋白質(zhì)中,從而在細胞中所有的蛋白質(zhì)上引入了質(zhì)量標簽(Mass Tag,3-10Da)。借助后續(xù)MS的高分辨率,在MS層面上,實現(xiàn)對蛋白質(zhì)水平進行高精度定量的技術(shù)。

SILAC技術(shù)基本的應用是做細胞/細胞亞組分(細胞質(zhì)、細胞核、線粒體、外泌體等)的各種蛋白質(zhì)表達差異譜分析。此外,(1)使用SILAC技術(shù)標記小鼠、酵母、大腸桿菌、果蠅、線蟲等模式生物,從而可以借助MS直接定量比較動物個體的蛋白質(zhì)組差異(SILAM);(2)利用SILAC技術(shù),借助細胞株,通用可以分析人體的不同組織的蛋白質(zhì)表達譜差異(super-SILAC);(3)SILAC結(jié)合IP-MS(免疫沉淀-質(zhì)譜)可定量分析蛋白質(zhì)互作/翻譯后修飾的定量分析(SILAC+IP-MS)。

SILAC技術(shù)的優(yōu)勢體現(xiàn)在(1)直接通過細胞代謝,實現(xiàn)對整個細胞蛋白質(zhì)組的標記,從實驗的源頭引入質(zhì)量標簽(Mass tag),實驗的系統(tǒng)誤差顯著降低;(2)實驗步驟簡單,只要將SILAC標記的和非標記的蛋白質(zhì)1:1混合,就能進行后續(xù)MS分析;(3)定量準確度更高,定量信息豐富。

二、服務方案

(一)整體服務:

只需客戶提供細胞即可,我方負責完成:

SILAC培養(yǎng)基制備。

細胞SILAC標記及標記效率MS檢測;

SILAC標記細胞與非標記細胞擴增;

蛋白質(zhì)提取、分離(SDS-PAGE)及染色;

切割條帶,分別進行LC-MS測試;

MS數(shù)據(jù)分析,完成蛋白質(zhì)的鑒定及定量分析,篩選差異表達蛋白;

差異表達蛋白常規(guī)生物信息學分析;

我方同樣有技術(shù)實力進行具體蛋白質(zhì)(經(jīng)用SILAC實驗篩選、驗證后的蛋白)的功能實驗。如有需求,方案另議。

(二)合作共贏方案:

原則是通過協(xié)商簽訂合同,雙方各完成一部分實驗內(nèi)容。

客戶方需從我方購買相應的SILAC培養(yǎng)基及耗材。我方提供細胞SILAC標記的實驗方案,協(xié)助客戶完成細胞的SILAC標記過程。

標記完成后,需用LC-MS鑒定細胞標記效率。該步驟需交由我方完成鑒定。

正式實驗的蛋白質(zhì)樣品,需交由我方完成MS鑒定和定量分析。

三、其他特色:

SILAC培養(yǎng)基。我方能生產(chǎn)多種類型的SILAC培養(yǎng)基(K6R6、K4R6、K6R8、K8R10等),7-10個工作日發(fā)貨,免去客戶從國外進口SILAC培養(yǎng)基及其標記氨基酸的漫長貨期。

SILAC培養(yǎng)基,500ml起訂。

我方同時銷售SILAC相關(guān)的試劑/耗材(dialyzed FBS,filter等),歡迎咨詢。

四、客戶發(fā)表的代表性論文:

Analytical chemistry 2017, 89(19):10248-10255. 

Analytical chemistry 2017, 89(21):11468-11475.

Journal of proteome research 2013, 12(5):2055-2066.

Amino acids 2014, 46(4):841-852.

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